Los almacenes del MUNA, Museo de Naturaleza y Arqueología, en su sección de Ciencias Naturales, cuenta con cerca de 250.000 registros de colecciones catalogadas (la mayoría informatizadas o en proceso) en sus almacenes. Entre las colecciones biológicas se incluye el material genético, tejidos, otolitos, huevos, pieles, huesos, esqueletos, así como herbarios botánicos. Todos ellos contribuyen a la ciencia, la sociedad, la seguridad pública, sanidad local, cambio climático, prevención de catástrofes, cultivos agrícolas, enfermedades puntuales y pandemias, entre otras materias.

Esta colección incluye representantes de Canarias, de los restantes archipiélagos macaronésicos (Salvajes, Madeira, Azores y Cabo Verde), así como de regiones del norte de África y de la península ibérica. También contiene material de países europeos y regiones tropicales del planeta. Por otra parte, cuenta con otros grupos de artrópodos terrestres (colémbolos, arácnidos, miriápodos y crustáceos), todos ellos con bastante menor representación en Canarias que los insectos, el grupo más numeroso de la fauna terrestre.

La colección es fruto tanto de investigaciones realizadas por el personal del Museo, como por aportaciones de científicos nacionales y extranjeros. En el año 2015, se vio incrementada con la donación Pardo Alcaide (1913-1977), integrada por más de 65. 000 especímenes, principalmente coleópteros procedentes del sur de la península ibérica y del norte de África. El material tipo supera los 2.550 especímenes –entre ellos, 287 holotipos– de especies y subespecies mayoritariamente endémicas de Canarias. Hasta la fecha actual, 34.943 especímenes de insectos de la colección han sido incorporados a la base de datos GBIF España, a través del cual puede accederse a ellos.

Colección de geología-paleontología

La colección de fósiles está formada por 6.300 registros, que engloban unos 35.000 especímenes, pertenecientes en su mayoría a yacimientos paleontológicos de Canarias, pero con representantes del resto de archipiélagos de la Macaronesia y norte de África. Así mismo, alberga una colección de fósiles del mundo pertenecientes a los diferentes periodos geológicos, procedente del Gabinete de Anselmo Benítez. Destaca en esta colección la presencia de 47 especímenes tipo, 14 de ellos, holotipos de especies de moluscos gasterópodos de afloramientos del Mioceno superior de Lanzarote, Fuerteventura y Gran Canaria. La colección de malacología marina es una de las más numerosas del Museo, pues contiene un total de 75.000 ejemplares, principalmente de especies canarias, macaronésicas, mediterráneas y del Atlántico norte. En cuanto a la colección de malacología terrestre, está constituida por 32.000 ejemplares, de los cuales 78 son holotipos, fondos que proceden en su mayoría de la colección Alonso e Ibáñez, catedráticos jubilados de la Universidad de La Laguna, donada en el año 2015.

Colección de biología marina

Unos 14.479 registros integran los fondos de biología marina (macrofauna, 11.328 y microfauna, 3.151), de los que alrededor de 400 corresponden a material tipo. La mayor parte procede del proyecto TFMCBM (1990-1996) sobre fauna de profundidad.

Destacan importantes donaciones, como es el caso de esponjas marinas de Canarias, con 600 ejemplares; crustáceos de profundidad, con 300 registros; anélidos poliquetos, con 250 ejemplares de aguas canarias; cnidarios, con 200 ejemplares de aguas someras y profundas; o la de babosas marinas de Canarias (nudibranquios), con 300 ejemplares que, en su mayoría, pertenecen a material tipo. Alrededor 2.000 registros de peces se conservan en el Museo, procedentes de proyectos nacionales (Pescabase) e internacionales (Fishtrace).

Resaltan, además, colecciones complementarias de tejidos y otolitos de peces. La participación del Museo en los proyectos sobre afección de las erupciones volcánicas a las comunidades pelágicas ─Vulcano I y II; y Vulcana, que se desarrollan desde 2013─ ha aportado hallazgos de interés para las colecciones. No obstante, varios miles de ejemplares microscópicos se hallan, aún, en fase de estudio y catalogación.

Colección de vertebrados

Entre las importantes colecciones conservadas destacan la general de aves naturalizadas y 707 pieles preparadas. Igualmente, forman parte de este grupo la colección Estarriol, compuesta por 130 registros; la colección Godiño, que consta de 151 especies, la colección de osteología, con 370 muestras; la de huevos, con 528 muestras, y la de mamíferos, referente a 121 ejemplares naturalizados. Destacar la de pieles y la colección húmeda (anfibios y reptiles) con 214 muestras. Otras colecciones incluyen recientes decomisados aduaneros de especies que forman parte de Convención sobre el Comercio Internacional de Especies Amenazadas de Fauna y Flora Silvestres (CITES).

Colección botánica (herbario)

El herbario TFMC integra 18.000 pliegos de plantas superiores, algas, musgos y líquenes procedentes principalmente de las Islas Canarias, del resto de los archipiélagos macaronésicos (Azores, Madeira, Salvajes y Cabo Verde) y de las vecinas regiones continentales africanas (Marruecos, Sáhara Occidental y Mauritania). También incluye ejemplares de la flora de isla de Pascua y del archipiélago de Galápagos, en el océano Pacífico. La mayor parte de las colecciones del herbario TFMC es fruto del material recolectado en las numerosas expediciones científicas organizadas por el Museo a lo largo de las últimas décadas.

Colección de mineralogía

La colección de minerales y rocas está compuesta por 5.500 ejemplares, de los que están inventariados en la actualidad 5.445. Estos ejemplares proceden en su mayoría de los fondos del desaparecido Museo Villa Benítez. Otra parte importante de los fondos es una donación del Institutum Canarium, de Viena. Destacar la colección formada por 1 100 minerales y rocas procedentes del archipiélago, colectados durante más de veinte años por el geólogo austriaco Rudolf F. Ertl. Así mismo, destacan algunos ejemplares notables de minerales canarios, así como algunos ejemplares de rocas volcánicas formadas en las erupciones de fecha histórica en las islas, incluida la última de ellas, de naturaleza submarina, que ocurrió en El Hierro en 2011.